Época independiente
Ocupación por tropas Norteamericanas
En
el año de 1847 tiene lugar un grave acontecimiento. El 14
de septiembre, el ejército norteamericano ocupa la ciudad
de México y algunos de sus cuerpos utilizan el Palacio de
Mineña como cuartel. Ante un oficio del Ministerio de Relaciones
Interiores y Exteriores que pide un informe circunstanciado del
estado que guarda el Colegio, don BIas Balcárcel, director
interino, contesta el 27 de diciembre diciendo que,
"a pesar de las circunstancias aflictivas de la capital y de estar una parte del Colegio ocupada por las tropas americanas, todas las cátedras continuaban sus cursos, que sólo se interrumpieron en los días en que el enemigo ocupó la ciudad."
El saqueo del Palacio debe haber sido natural para los soldados de conquista. Los invasores hicieron desaparecer muy valiosos documentos, ya sea destruyéndolos o apoderándose de ellos para constituir trofeos de vencedor, los que se encuentran actualmente en el Departamento de Estado de los Estados Unidos.
Seguramente el Palacio fue desocupado hasta que el ejército norteamericano abandonó la ciudad de México como consecuencia del Tratado de Guadalupe, el 12 de junio de 1848. Triste utilización de tan digno edificio que, por lo mismo, debe haber despertado el interés del invasor.